Tome 1:

Amu Hinamori est une jeune fille plutôt cool. Mais, sous ses airs, se cache une jeune fille fragile, réservée et peu sûre d’elle-même, qui rêve d’être tout autre que ce qu’elle est aux yeux de tous. Dans son école, un groupe de 4 élèves, appelés les « Gardiens », assurent la protection de l’ensemble des élèves. On y trouve le Roi, la Reine, l’As et le Valet. Amu est pressentie pour intégrer le groupe des Gardiens après avoir découvert trois oeufs étranges dans sa chambre ! Chaque enfant a au fond du coeur le rêve d’être autre que ce qu’il est. Ce rêve se matérialise aux seuls yeux des Gardiens sous la forme d’un oeuf, « l’oeuf du coeur », qui lorsqu’il éclôt il libère un Shugo Chara, « la personnalité rêvée »...

Tome 2:

Amu est intégrée au groupe des gardiens dans le rôle du Joker. Elle ne tarde pas à découvrir que son rôle sera de guetter les oeufs X et de les neutraliser, pour que leur propriétaire puisse retrouver leur rêve. Yuki et Maika, deux copines de classe d’Amu, sont les premières à en faire les frais !

Tome 3:

Amu est dans un moment critique ! Ran, Miki et Sû ont été enlevées par le professeur Nikaidô, envoyé d'Easter pour trouver l'embryon. Elle doit sauver ses shugo chara avant qu'ils soient utilisés par Easter ! Elle traque le prof avec l'aide de tous les gardiens, mais Utau Hoshina entre en scène avec un chara nari...

Tome 4:

Amu donne naissance à un 4e oeuf. En attendant de voir quel chara va en sortir, elle commence sa nouvelle année scolaire. Kûkai est parti au collège et Nadeshiko s’est envolée pour l’étranger. Amu se retrouve donc bien seule. Une nouvelle Reine et un nouveau Valet entrent chez les gardiens, mais donnent du fil à retordre aux anciens membres. Amu finit même par douter de ses propres compétences de Joker… d’autant que son nouvel oeuf vient de se transformer en oeuf X !

Tome 5:

Ça y est, le 4e oeuf d’Amu a éclos ! Mais Dia, le chara qui en est sorti, a quitté Amu pour se ranger aux côtés d’Utau… pendant que l’un des deux chara d’Utau s’est rallié à Amu ! Pour tant, la jeune fille souhaite récupérer Dia. Y parviendra-t-elle ?

Tome 6:

Tome 7:

Nadeshiko revient au Japon sous sa personnalité réelle : Nagihiko. Il prend la place de valet chez les gardiens, mais seuls Tadase et Kûkai savent qu’il est en réalité Nadeshiko. Ce secret le fait beaucoup souffrir et la question de savoir s’il va le révéler à Amu se fait cruellement sentir ... Tadase avoue son amour à Amu et essaie ensuite de lui faire comprendre qu’Ikuto n’est pas celui qu’elle semble croire...

Tome 8:

Ikuto a été récupéré par le chef d’Easter qui a ensorcelé son violon, afin de pouvoir manipuler le talent du jeune garçon à sa guise. Ikuto est ainsi contraint à jouer à son insu, en état second, pour rassembler des œufs X dans le but de faire apparaître l’embryon tant convoité. Amu et Tadase se réconcilient, et ce dernier révèle enfin aux gardiens ce qui s’est autrefois passé entre Ikuto et lui, et pourquoi il fait preuve d’une aussi farouche méfiance à son égard. D’un commun accord, les gardiens décident de mettre cette histoire de côté pour aller sortir Ikuto des griffes d’Easter et les empêcher de mettre la main sur l’embryon. Mais c’est justement ce qu’attend d’eux le chef d’Easter !

Tome 9:

Les gardiens ont engagé la bataille finale contre Easter en essayant de récupérer Ikuto, passé sous son contrôle bien malgré lui. Ils se voient obligés de grimper en haut d’une tour pleine de pièges dans l’espoir de le libérer de ses griffes, mais une bête maléfique se trouve sur leur chemin. Ils parviennent à la franchir, pour se retrouver aux prises avec un chara X géant, hurlant sa souffrance et sa tristesse au monde... Au moment où ils parviennent à le purifier, l’embryon apparaît et le directeur Hoshina s’en empare avant de s’enfuir ! Les gardiens se lancent à sa poursuite dans un mystérieux ascenseur...

Tome 10:

L'embryon est tombé aux mains d'Easter. Les gardiens délèguent Amu, Tadase et Ikuto pour le récupérer. Ils entrent donc dans la place forte d'Easter pour approcher le fameux Gozen et lui reprendre l’œuf magique. Mais une fois sur place, une énorme surprise les attend : Gozen n'est autre qu'un enfant... un enfant qui a été vidé de ses émotions par l'éducation rigide et élitiste du directeur Hoshina, qui s'est servi de son immense souffrance de la perte de ses parents... Le directeur Hoshina finit par faire son mea culpa et Gozen retrouve son affect, au grand soulagement de tous. L’œuf magique retrouvé s'avère ne pas être le véritable embryon, mais Easter en a terminé avec cette quête devenue inutile. Ikuto retrouve son statut d'héritier en titre, mais il décide de partir parcourir le monde à la recherche de son père. De leur côté, les gardiens se préparent à se voir remettre leur diplôme de fin de cycle primaire...

Tome 11:

Ikuto est parti à l'étranger. Amu est entraînée sur la route des étoiles, à la recherche de ses Shugo Chara qui, Dia mise à part, ont tous disparu. Avec l'aide de ses amis, elle apprend peu à peu pourquoi les Shugo Chara se volatilisent lorsqu'un enfant grandit.

Tome 12:

Ikuto est parti à l'étranger. Utau se sent seule et abandonnée. Kûkai va chercher à y remédier. Leur amitié ambiguë laisse vite place à un sentiment plus profond. Les parents de Rima divorcent. La jeune fille se sent seule aussi. Nagihiko tombe sur elle à ce moment-là et tente de la consoler. Ils sont interrompus par les cris d'un petit garçon manifestement perdu. Fortement ébranlée par ce petit bonhomme, Rima incite Nagihiko à partir à la recherche de ses parents.